اکولوژی میکروبی علم مطالعه میکروب ها و تقابل آن ها با محیط، گیاهان، جانوران و با یکدیگر است. با این که میکروب ها کوچکترین موجودات در کره زمین هستند، اما اثر قابل توجهی بر انسان و سیاره زمین دارند. به همین دلیل است که دانشمندان باور دارند علم بوم شناسی میکروبی می‌تواند به بازسازی محیط زیست، تولیدغذا و مهندسی زیستی منتهی شود.
