این اصطلاح برای جمعیت میکروارگانیسم هایی که در روده انسان زندگی می‌کنند به کار می رود. باکتری ها از گروه های متفاوت و در جمعیت هایی با اندازه های مختلف در دستگاه گوارش زندگی می‌کنند، با این وجود همانند یک تیم عمل کرده و نقش مهمی در کمک به دستگاه گوارش برای هضم و جذب غذا، تقویت سیستم ایمنی، پیش‌گیری از عفونت ها و حتی تاثیر بر خلق و خو و رفتار ایفا می‌کنند.
