میکروبیوتای روده نامی است که به جمعیت میکروارگانیسم های موجود در سراسر دستگاه گوارش پستانداران اطلاق می شود. ترکیب این جامعه ی میکروبی، برای هر میزبان بصورت اختصاصی است. میکروبیوتای روده ی هر فردی می تواند دچار تغییرات درون زا و برون زا شود. میکروبیوتا گاهی اوقات فلور انسان، میکروفلورا یا فلور روده نیز نامیده می شود
