محور مغز-روده احتمالاً در تعدادی از بیماری‌ها از جمله سندرم روده تحریک‌پذیر، بیماری التهابی روده، اضطراب، افسردگی، اسکیزوفرنی و اوتیسم دخیل است. ترکیب میکروبیوم روده در افراد سالم نیز از فردی به فرد دیگر متفاوت است. پاسخ افراد به تغییر در میکروبیوم روده نیز ممکن است متفاوت باشد. به حداقل رساندن مصرف غذاهای فرآوری شده، سبک زندگی فعال و رژیم غذایی پر فیبر توصیه ای است که به سلامت کلی کمک می کند. همه این عوامل ممکن است تأثیر مطلوبی بر میکروبیوم روده داشته باشند.
