میکروبیوتای هر فرد مانند اثر انگشت منحصر به فرد است و با میکروبیوتای فرد دیگر متفاوت است. میکروبیوم از بدو تولد شکل می‌گیرد و تحت تاثیر میکروبیوتای مادر، محیط زندگی، تغذیه و سبک زندگی فرد قرار می گیرد. دو تا سه سال اول زندگی مهمترین زمان تکامل یک میکروبیوم سالم است. زایمان طبیعی و تغذیه نوزاد با شیر مادر باعث ایجاد و حفظ یک میکروبیوم سالم می شود. میکروبیوتای روده تحت تاثیر ژنتیک افراد نیز هست. مواجهه با سموم و داروها به ویژه آنتی بیوتیک ها و آلودگی های محیطی بر ترکیب میکروبیوتای روده تاثیرگذار است.
