پیوند میکروبیوتای مدفوع یا پیوند مدفوع به فرآیند انتقال مدفوع (همراه با باکتری ها و متابولیت های آن) از یک فرد سالم به فردی با میکروبیوتای نامتعادل اشاره دارد. اگرچه اثبات شده است که این روش در درمان عفونت کلستریدیوم دیفیسیل موثر است اما استفاده از آن هنوز بطور گسترده انجام نمی شود. متخصصین همچنان در حال کار بر روی انواع تکنیک های انجام این پیوند هستند اما تاکنون توافقی درباره عوارض احتمالی کوتاه یا دراز مدت آن بدست نیامده است.
